La manera más eficaz de utilizar Cytotec es vía vaginal, la dosis es de 4 pastillas de 200mcg. cada una, estas se tienen que aplicar con diferencia de 24 horas, en total dos dosis. Hay casos en los que se aplica una tercera dosis, esto es en casos de embarazos de mas de 7 semanas. Se introducen lo mas profundo que puedas vaginalmente hasta que sientas que topa que es el útero, es importante que estén a la profundidad correcta, ya que si las colocas en la entrada de la vágina estas no funcionaran.
El tratamiento con Cytotec/Misoprostol tiene un promedio de efectividad de un 90 a 95%.